癌癥患者的腫瘤細胞會釋放部分DNA片段到血液中，這些來自腫瘤組織的DNA片段會攜帶突變。在臨床樣本中發現罕見的DNA突變，對于生物醫學和診斷學等領域均有重要的意義。但精確地檢測低豐度DNA難度大，特別是在尋找癌癥治療后留下的少量腫瘤細胞方面(稱為“微小殘留病”，或MRD，minimal residual disease)，目前的技術需要通過大量測序才能找到。因此，亟需開發新的方法，提高檢測靈敏度，降低檢測成本。
近日，美國麻省理工學院和哈佛大學的研究團隊在《Nature Biomedical Engineering》雜志上發表題為“Massively parallel enrichment of low-frequency alleles enables duplex sequencing at low depth”的文章，開發了一種名為“通過識別寡核苷酸富集次要等位基因測序”的新方法MAESTRO（minor allele enriched sequencing through recognition oligonucleotides），能以較小的測序規模，準確、高效地從患者血液樣本中識別出數千個DNA突變，有望以更低的成本協助檢測患者體內的殘存癌細胞，及時開展疾病復發監測。
該研究中，研究人員首先對患者的腫瘤活檢進行測序，了解突變的情況。根據突變信息，針對性的開發出僅與腫瘤相關的DNA序列結合的分子探針，用以富集血液樣本中游離的腫瘤相關DNA，優化測序樣本，提升從血液樣本中識別出罕見癌癥突變的能力。
在檢測數百個低豐度突變的測試中，與傳統測序方法相比，MAESTRO方法在保證能發現大多數突變的同時，所需的資源更少。同時，MAESTRO方法還以較低的成本將搜索范圍擴大到1萬個突變，極大地提高了檢測效率。研究團隊利用MAESTRO方法，重新檢測分析一批傳統方法檢測過的患者樣本，從中檢出了更多的突變。MAESTRO方法在單一檢測方案中結合了深度和廣度的優勢，使更早檢測MRD成為可能，甚至可能識別出血液中來自癌細胞的循環DNA。
論文鏈接：
https://www.nature.com/articles/s41551-022-00855-9
注：此研究成果摘自《Nature Biomedical Engineering》雜志，文章內容并不代表本網站的觀點和立場，僅供參考。
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